Okulumuz, 25 Eylül 1976 tarihinde Bayraklı semti, Muhittin Erener Mahallesinde Metaş İlkokulunun  zemin katında Çay Ortaokulu adı ile eğitim ve öğretime başlamıştır. Kurucu müdürü Ragıp AYTAÇ’dır.

                1976-1977 öğretim yılında 161 öğrenci ile eğitim ve öğretime başlayan okulumuzun öğrenci sayısı 1983-1984  eğitim-öğretim yılında 800’e ulaşmıştır. Metaş ilkokulunun öğrenci mevcudunun 2500’e ulaşması ve dersliğe ihtiyaç duyması, okulumuza ayrılan 7 derslikli bloğun ihtiyacımızı karşılamaktan uzak kalması nedeniyle, yeni binaya ihtiyaç duyulmasına neden olmuştur. Bunun sonucunda okulumuz, çay mahallesinde, İzmir özel idaresince yaptırılan 18 derslikli, kaloriferli bugünkü binasına 11/02/1985 tarihinde çevrenin ve kaymakamlığın yardımıyla taşınmıştır.

                Kısa süre içerisinde okulumuzda 1 kütüphane, 1laboratuvar kurulmuştur. Büyükşehir belediyesinin yardımlarıyla okul bahçesinde bir basketbol ve bir de voleybol sahası oluşturulmuştur.

                01/10/1985 tarihinde okulumuz yeni binasının açılışı, sayın İzmir valisi Vecdi GÖNÜL tarafından yapılmıştır. 1986 yılında Türk Hava Kurumu Karşıyaka şubesi tarafından okulumuz bahçesine mermer kaideli, güzel bir Atatürk büstü yaptırılmıştır.

08/03/1988 tarihinde okulumuzun ismi İl İdare Meclisi’nin teklifleri ve Bakanlığımızın onayı ile “Mustafa Uygur Ortaokulu” olarak değiştirilmiştir. Okulumuza bu isim 1975 yılında güzel İzmir’imizde çalışan değerli Vali Mustafa Uygur’un anısına verilmiştir.

                Valilik makamının 21/06/1996 tarih ve 310/48920 sayılı oluru ile ortaokul olan okulumuz ilköğretim okulu olarak değiştirilmiştir.

                Okulumuz bugün 2120/6 sokak No:22 Çay mahallesi-Bayraklı İzmir adresindeki binasında Mustafa Uygur İlköğretim Okulu olarak eğitim ve öğretimine devam etmektedir.